Институт чини седам организационих целина:

- ПЕДИЈАТРИЈСКА КЛИНИКА
  - КЛИНИКА ЗА ДЕЧЈУ ХИРУРГИЈУ
  - СЛУЖБА ЗА ХУМАНУ РЕПРОДУКЦИЈУ
  - РЕПУБЛИЧКИ ЦЕНТАР ЗА ПЛАНИРАЊЕ ПОРОДИЦЕ
  - СЛУЖБА ЗА НАУЧНО-ИСТАЖИВАЧКУ И ОБРАЗОВНУ ДЕЛАТНОСТ
  - СЛУЖБА ЗА ОРГАНИЗАЦИЈУ, ПЛАНИРАЊЕ, ЕВАЛУАЦИЈУ И МЕДИЦИНСКУ ИНФОРМАТИКУ
  - СЛУЖБА ЗА НЕМЕДИЦИНСКЕ ПОСЛОВЕ

Организационе целине функционишу у складу са основним принципима тимског рада и мултидисциплинарног приступа у дијагностици и лечењу пацијената, уз блиску сарадњу између здравствене заштите, образовања, истраживања и издавачке делатности. У организовању хоспиталне делатности поштује се принцип слободног кревета.

Институт има 868 запослених (на дан 30.06.2008.), од којих 81% чине здравствени радници. Образовна структура здравствених радника је следећа:

- лекари                                                                                                  151

- фармацеути и здравствени сарадници високе спреме                     27

 - медицинске сестре, лабораторијски и рендген техничари             523 

ЗДРАВСТВЕНИ КАДАР ИНСТИТУТА            (30.06.2008.)

ЛЕКАРИ И ДРУГИ СПЕЦИЈАЛИСТИ АНГАЖОВАНИ СА ПУНИМ ИЛИ ДЕЛИМИЧНИМ РАДНИМ ВРЕМЕНОМ У ОБРАЗОВНИМ И ИСТРАЖИВАЧКИМ АКТИВНОСТИМА НА МЕДИЦИНСКОМ ФАКУЛТЕТУ УНИВЕРЗИТЕТА У БЕОГРАДУ: