У оквиру Центра посроје следеће службе:
 
  Служба за реализацију програма за планирање породице и развој
  Служба за дечију и адолесцентну гинекологију
  Служба за промоцију репродуктивног здравља, рану дијагностику и скрининг трудница, плода и новорођенчета

Служба за организацију, планирање, евалуацију и медицинску информатику
 
 
 
Основне делатности ове Службе су:
  •  планирање, организација и развој система здравствене заштите мајке и детета (национални   програм заштите репродуктивног здравља);
  •  израда специфицних регионалних и локалних програма за здравствену заштиту мајке и детета и   организовање обуке здравствених радника, као и образовне активности.
 
  Одељење за општу, научно-истраживачку и наставну делатност са одсецима:
  • за научно-истраживачки рад
  • информатика са здравственом статистиком
  • за наставу
  • за библиотеку и биомедицинску информатику
  • за издаваштво
  • за организацију научних и стручних скупова

Одељење за организовање и спровођење послова од општег интереса за Републику

Одељење за планирање, програмирање и праћење параметара рада Института и праћење здравственог стања пацијената

Одељење за здравствено-васпитну и здравствено-превентивну делатност са:
  • одсеком за праћење и проучавање психофизичког развоја деце и омладине
  • одсеком за превенцију поремећаја менталног здравља деце, омладине и жена генеративног доба