Одлуком Министарства здравља Србије из 1993. и 1995. године, Институт постаје национална референтна установа за здравствену заштиту жена генеративног доба, предшколској и школској деци.
На својим одељењима и клиникама, Институт обавља и развија четири основне делатности:

- Пружање терцијарне здравствене заштите деци предшколског и школског узраста и женама генеративног доба

- Институт је наставна база Медицинског факултета у Београду за додипломско и последипломско образовање медицинских радника (студената медицине, лекара опште праксе, педијатара, дечјих хирурга, гинеколога, анестезиолога, медицинских сестара, бабица итд.)

- Законодавна и методолошка делатности кроз тесну сарадњу са Министарством здравља, Институтом за заштиту здравља Србије, као и применом савремених доктрина и смерница у институцијама и установама примарне и секундарне здравствене заштите мајке и детета

- Извођење клиничких истраживања, епидемиолошких студија и издавачка делатност у области основних делатности развијања националне мреже здравствених институција намењених женама генеративног доба, предшколској и школској деци.